Cell | 免疫疾病中免疫细胞特异基因调控动态扇面

2022-02-28 04:23:20 来源:
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大阪大学的研究组技术人员和RIKEN Research研究组所的同事们现在创建了首个针对自身免疫反应性疟疾和自身水肿性疟疾的突变数据库库。决心这一资源能为免疫反应疟疾的蓬勃发展提供重新见解,并可能更容易药物的推测。研究小组们还决心,与免疫反应之外的线粒体数据库图集就此可能应用于诸如COVID-19等登革热的研究组。

大阪大学新项目研究组助手,流行病学风湿病学家,机能线粒体学研究者Mineto Ota博士真是:“要知晓疟疾,就必须深刻理解突变相异的机能。有了这个数据库集,我们就可以将与疟疾之外的DNA氨基酸变化的数据库与对疟疾中所风必要相当极其重要的突变和细胞膜一般来真是保持联系起来。”Ota是该小组发表在《Cell》杂志上的篇名的主要译者,篇名副标题为“Dynamic landscape of immune cell-specific gene regulation in immune-mediated diseases”。该新项目是与Chugai Pharmaceutical的研究小组们密切合作进行时的。

译者写道,免疫反应内皮细胞膜的疟疾(IMD)最主要从自身免疫反应性到自身水肿的多种病理。他们援引,尽管IMD中所炎性细胞膜因子的间歇性社会活动表明免疫反应细胞膜机能发生了变化,但是,“对于IMD的之外突变甚至之外细胞膜一般来真是知之甚少。”

以外线粒体相似之处研究组(GWAS)推测了许多与IMD之外的线粒体底物。但是,在此类相似之处研究组中所鉴定不止的许多突变相异都设在调节突变“on”或“off”理解的DNA非字节区域,而不是设在突变字节氨基酸中所。研究组小组援引:“GWAS现在洞察了许多与精细性状和疟疾之外的线粒体底物,最主要IMD。这些相异中所的大多数都设在非字节线粒体区域,尤为是转录元件,如增强子和启动子。”

为了洞察转录DNA的机能,一种相同一般来真是的线粒体分析,称为理解定量分析性状突变底物(eQTL),更容易将DNA氨基酸的区别与突变理解的区别保持联系起来。依靠eQTL数据库,研究组技术人员可以对转录DNA氨基酸的目的、转录氨基酸中所的相异如何严重影响其转录突变的理解以及这些突变理解区别如何导致疟疾做不止更明智的揣测。

其它针对免疫反应的eQTL研究组现在在进行时中所,但先前的研究组工作只最主要心理健康志愿,并检查了有限为数的细胞膜一般来真是。研究组技术人员写道:“对心理健康供体免疫反应细胞膜的研究组可能仍未捕获疟疾平衡状态下推测的一系列eQTL不稳定性。此外,虽然对免疫反应细胞膜的实验性刺激可以在举例来说上模拟疟疾平衡状态,但未必总是反映不止体内的心理环境。”

Ota不足之处道:“水肿平衡状态下,免疫反应细胞膜的物理特性与心理健康平衡状态下的并不相同细胞膜截然相同。与免疫反应情况之外的突变相异可能只在卧床平衡状态下起作用,因此对于这种一般来真是的突变研究组,从真实病变背上获取抽取相当极其重要。”

在他们最新新闻报道的研究组中所,研究组小组对79名心理健康志愿和337名被诊断患有10种相同一般来真是免疫反应内皮细胞膜疟疾(最主要类风湿性关节炎、系统地红斑狼疮和系统地白血病)的病变进行时了以外线粒体测序。所有志愿都是东洋血缘关系。

知晓免疫反应内皮细胞膜的疟疾兼具挑战性,因为尽管每种疟疾在流行病学上都是相同的,但仍有许多分隔之处,并且兼具并不相同诊断的病变可能会表现不止相当相同的症状。研究组技术人员不足之处真是:“由于所有这些自然环境,一次学习一种免疫反应内皮细胞膜疟疾的战斗能力是有限的。但是,如果我们一起研究组10种疟疾,就可以更以外面地知晓这些一般来真是的疟疾。”

在完成以外线粒体测序后,研究组技术人员从志愿的血液抽取中所分离不止28种相同一般来真是的免疫反应之外细胞膜,并测了这些细胞膜中所的突变理解。“我们在图集中所看到,每种免疫反应细胞膜一般来真是都有相同的eQTL结果,这可以知道我们细胞膜一般来真是彼此间突变转录的区别,以及哪种细胞膜一般来真是对于蓬勃发展哪种疟疾至关极其重要。”研究组技术人员真是。

译者报告真是,“在突变理解分析中所,我们在一个平台上对多个IMD进行时尤其,使我们能够刻画每个疟疾(病变)的特征,并识别与单个疟疾基因表达之外的突变,以及在三组IMD中所失调的通路……我们的数据库集使我们能够检查每个特定细胞膜一般来真是中所eQTL不稳定性的心理(疟疾)背景驱动的干扰。”

研究组技术人员将得到的资源取名为大阪大学免疫反应细胞膜突变理解图集(ImmuNexUT),并真是它都是了使用东亚血缘关系志愿创建的第二大的eQTL数据库集。他们洞察道:“我们未确定了免疫反应细胞膜一般来真是基因表达的eQTL不稳定性,最主要直到现在仍未新闻报道的少见细胞膜一般来真是,它们在心理水肿条件下的自然环境,以及这些eQTL与IMD遗传学彼此间的明显相似之处。”

“到目前为止,在这一应用领域,大规模的线粒体和机能线粒体研究组主要是依靠北美理应进行时的,尽管族裔自然环境对于精确理解线粒体机能至关极其重要。”研究组技术人员真是,“这个东洋测试者的eQTL图集对于解决这种以北美为中所心的偏见,为基础北美的数据库集有利于研究组DNA相异的机能,也兼具极其重要意义。”

研究组技术人员决心ImmuNexUT数据库库将一直增长,并就此为病变造就好处的结果。他们真是:“与之后新闻报道的资源相对来说,我们的数据库集兼具截然相同而有利的特点,最主要以外面的免疫反应细胞膜细分、理应彼此间免疫反应情况的变化以及同质的非北美理应。”

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